Neo is een computerhacker, die door Trinity wordt gevraagd om een groep vrijheidsstrijders te helpen, onder aanvoering van de illustere Morpheus. Deze groep verzet zich tegen zelfdenkende computers die de menselijke beschaving beheersen. De computers houden de mensen onder de duim door ze in te pluggen in een virtual reality omgeving, die eruit ziet als de twintigste eeuw. Morpheus gelooft dat Neo de uitverkorene is om de computers te verslaan en bevrijdt hem uit de Matrix.