Steve Rogers is leider van het nieuw samengestelde Avengers team met het doel om de mensheid te beschermen. Maar na wederom een incident waarbij de Avengers betrokken zijn, grijpt de overheid in. Ze zet het team onder politieke druk waardoor ze onder toezicht van een gecontroleerd beleid te werk moeten gaan. Deze nieuwe situatie verdeeld The Avengers in tweeën: het ene team wordt geleid door Steve Rogers en zijn wil om met The Avengers de mensheid te beschermen zonder de bemoeienis van de overheid. Daar tegenover staat het team van Tony Stark met zijn verrassende beslissing om de overheid te steunen.