Mathilda is een twaalfjarig meisje uit een asociaal New Yorks gezin. Haar vader is verwikkeld in drugszaken. Als zij op een dag boodschappen doet, worden haar vader en de andere gezinsleden gedood door de corrupte politieagent Norman Stansfield. Mathilda zoekt onderdak bij haar Franse buurman Léon, die een professioneel huurmoordenaar blijkt te zijn. Na enige aarzeling ontfermt Léon zich over het meisje en leert haar zelfs de kneepjes van het vak.