De twaalfjarige Felix is ervan overtuigd dat zijn vader, die twee jaar geleden op zee verdween, nog leeft en gaat naar hem op zoek. Hij doet dit samen met de gepensioneerde visser Old Tom, de eenbenige papegaai Squawk en de kat die zich gedraagt als een hond Rover. Hun avontuurlijke reis brengt ze naar het Donker Schaduweiland, waar een geheime gemeenschap in een ondergrondse stad woont.