De slimme en goedhartige jonge verhalenverteller Kubo roept per ongeluk een wraakzuchtige geest uit zijn verleden op. Om zijn familie te redden moet hij het mysterie van zijn overleden vader, de beste samurai die ooit heeft geleefd, zien op te lossen. Tijdens zijn gevaarlijke zoektocht krijgt Kubo hulp van Monkey en Beetle. Bewapend met zijn shamisen, een magisch muzikaal instrument, moet Kubo strijden tegen goden en monsters.