Jake ontdekt een mysterie dat deze wereld en tijd overstijgt. Dankzij aanwijzingen ontdekt hij een geheim toevluchtsoord: mevrouw Peregrine’s weeshuis voor bijzondere kinderen. Maar als Jake kennismaakt met de bewoners en hun bijzondere gaven, realiseert hij dat veiligheid slechts een illusie is. Er schuilt gevaar in de vorm van krachtige, verborgen vijanden. Jake moet uitzoeken wie er echt is, wie hij kan vertrouwen en wie hij werkelijk is.