De veertienjarige vrienden Ellis en Neckbone doen een wonderlijke vondst op een van hun geheime, avontuurlijke ontdekkingstochten op de Mississippi: een boot die hoog in een boom hangt op een onbewoond eiland. Ze komen er al snel achter dat de mysterieuze en charismatische Mud in ‘hun’ boot woont. Hij vertelt hen een fantastisch verhaal over hoe hij een man in Texas heeft vermoord en dat hij daarom wordt achtervolgd door wraakzuchtige premiejagers. Nu wacht hij tot de liefde van zijn leven, Juniper, naar de stad komt om samen met haar te vluchten. De jongens weten niet of ze Mud moeten geloven, maar besluiten toch om hem te helpen. Als een prachtige vrouw en een groep premiejagers naar hun dorp komen, lijkt Muds verhaal uit te komen.