Strijder Snake Eyes wordt verwelkomd in de oude Japanse clan Arashikage nadat hij het leven van hun troonopvolger redde. Bij aankomst in Japan leren de Arashikage Snake Eyes de manieren van de ninja-krijger, terwijl ze hem ook iets bieden waar hij naar verlangde: een thuis. Als geheimen uit zijn verleden worden onthuld, wordt de eer en loyaliteit van Snake Eyes op de proef gesteld.