Bill Boss en Dwight Butler sluiten zich bij elkaar aan en vormen een kwaadaardig duo. Ze willen een 'human centipede' creëren, waarbij mensen worden samengevoegd via de recta en monden, wat voor een uniek, gemeenschappelijk spijsverteringsstelsel zorgt. Hun plan is een vijfhonderd mensen tellende 'centipede' te maken, bestaande uit gedetineerden.