Wanneer de geliefde familiehond Charlie onverwachts door mysterieuze aliens wordt meegenomen, keert hij terug naar huis met ongelooflijke superkrachten en een bijzondere missie: de mensen beschermen van wie hij het meest houdt. Al snel ontdekt hij dat de aarde wordt bedreigd door Puddy, een sluwe kat met grootse plannen.