In Code M neemt de eigenwijze Isabel (11) na het auto-ongeluk van haar opa zijn zoektocht over naar het legendarische zwaard van de wereldberoemde musketier D'Artagnan, dat al eeuwen spoorloos is. Isabels enige aanwijzing is een geheime code die ze zal moeten ontrafelen om het zwaard te vinden. Samen met haar neef Rik (13) en vriend Jules (12) begint ze aan een spannende zoektocht langs grotten en kastelen, maar al snel komen de drie erachter dat ze niet de enigen zijn die het zwaard willen vinden. Op wie kan Isabel vertrouwen en wie heeft er een dubbele agenda?