Sean Anderson ontvangt een gecodeerd bericht. Het bericht is verzonden vanaf een geheimzinnig eiland, op een plek in de Grote Oceaan waar eigenlijk geen eiland ligt. Het eiland herbergt vreemde levensvormen, bergen van goud, dodelijke vulkanen en verbazingwekkende geheimen. Sean vermoedt dat degene die het bericht heeft verzonden, zijn verdwenen grootvader is en wil naar het eiland toe om hem te redden. Zijn stiefvader Hank probeert hem tegen te houden, maar tevergeefs. Daarom besluit hij met Sean mee te gaan. Samen met de excentrieke helikopterpiloot Gabato en diens dochter Kailani, gaan ze op zoek naar het eiland.