In Mega Mindy en het Zwarte Kristal leidt de zoektocht naar de boef Axel helemaal tot in de woestijn van het oosterse Zahambra. Daar is duizenden jaren geleden het Zwarte Kristal op aarde gestort. Wie deze meteoriet in handen krijgt kan van alles een ‘slechte kopie’ maken. Een zeer gevaarlijke steen, maar gelukkig weet niemand waar het Zwarte Kristal verborgen is, totdat Axel hem vindt. In een spannende race proberen Mieke, Toby en de anderen als eerste het Zwarte Kristal te vinden en het zo uit handen van de boeven te houden. Zal het onze vrienden lukken om de gevaarlijk steen te vernietigen? En wat gebeurt er als Mega Mindy te maken krijgt met een gemene zwarte kopie van zichzelf?