De lange strijd die de rebellen voor hun vrijheid voeren leidt tot een laatste explosieve veldslag. Terwijl het leger van de machines de totale vernietiging van Zion nastreeft, maken haar burgers zich op voor een agressieve verdediging. Maar kunnen ze de meedogenloze zwerm Sentinels lang genoeg van zich afhouden om Neo de kans te geven zijn krachten volledig te benutten en de oorlog te beëindigen?