De Boxtrollen zijn slimme lieve wezens die onder de grond leven in een bijzondere magische wereld. Ze hebben hun omgeving gecreëerd uit gerecyclede materialen en hun kleding bestaat uit kartonnen dozen. Alle bewoners uit de stad boven de grond zijn onterecht bang voor de Boxtrollen vanwege een oude legende. De Boxtrollen hebben een weesjongetje uit de stad geadopteerd, Eggs, voor wie ze heel goed zorgen. Hij groeit bij hen op en leeft ook onder de grond. Wanneer de Boxtrollen bedreigd worden, gaat Eggs op zoek naar hulp uit de stad.