Kingdom of the Planet of the Apes speelt zich af in de toekomst, enkele generaties na het bewind van Caesar. In deze tijd zijn de apen de dominante soort en leven in harmonie samen, maar leiden de mensen een ondergedoken leven. Terwijl een nieuwe, tyrannieke apenleider zijn imperium opbouwt, maakt een jonge aap een aangrijpende reis die er voor zorgt dat hij alles wat hij heeft geleerd over het verleden in twijfel trekt. De keuzes die hij maakt zal de toekomst voor zowel apen als mensen bepalen.