In dit tweede deel van de epische Maze Runner saga, krijgen Thomas en de andere Gladers te maken met hun grootste uitdaging tot nu toe: het zoeken naar aanwijzingen over de geheimzinnige en machtige organisatie WCKD. De tocht voert ze naar de Scorch, een troosteloos landschap met onvoorstelbare en gevaarlijke hindernissen. Samen met het verzet binden de Gladers de strijd aan met de superieure kracht van WCKD en ontdekken zij dat de organisatie een schokkend plan voor hen in petto heeft.