De vijfjarige Sosuke woont in een klein dorp hoog op een berg uitkijkend over de zee. Op een morgen ontdekt hij beneden op het strand een goudvis. De vis, genaamd Ponyo, zit met haar hoofd vast in een glazen pot waar hij haar uit bevrijdt. Sosuke besluit Ponyo te houden en de twee raken gefascineerd door elkaar. Ponyo wil graag een mensenmeisje worden en samen zijn met Sosuke, maar Ponyo