Het eens zo gelukkige huwelijk van Arthur Brennan en zijn vrouw Joan is op een dieptepunt beland wanneer het noodlot toeslaat. Verdoofd door verdriet reist Arthur af naar een mysterieus bos aan de voet van de Japanse berg Fuji, beter bekend als The Sea of Trees, waar men komt om na te denken over het leven en de dood. Hier ontmoet hij de letterlijk en figuurlijk verdwaalde Takumi Nakamura. Niet in staat om Takumi aan zijn lot over te laten begint Arthur met zijn laatste energie aan een tocht om hem veilig naar de bewoonde wereld terug te laten keren. Hun zoektocht naar een uitweg wordt een reis van reflectie en overleving waarin Arthur opnieuw verbinding vindt met zijn vrouw.