Teddyberen staan tegenover machtige eenhoorns in een heilige oorlog. Gehersenspoeld in een militair bootcamp worden de teddyberen geprogrammeerd om meedogenloos te doden. Wanneer twee broers, de gemene Azulín en de zachtaardige Gordi, een vermiste groep verkenners moeten vinden, begint een afdaling in de hel. Met een gestoorde premisse en visuele pracht, is Unicorn Wars een antifascistische fabel die militarisme, autoritarisme en religieus fanatisme verkent.