Sinds het ontstaan van de beschaving wordt Apocalypse, de eerste en meest krachtige mutant uit het Marvel-universum, aanbeden als een god. Hij vergaart de krachten van een groot aantal andere mutanten en wordt daarmee onsterfelijk en onoverwinnelijk. Als Apocalypse na duizenden jaren ontwaakt is hij teleurgesteld in de wereld. Hij recruteert een team van krachtige mutanten, waaronder een ontmoedigde Magneto, om de mensheid te onderwerpen en een nieuwe wereldorde te creeren waar hij over zal regeren. Met het lot van de aarde aan een zijden draadje, moet Raven met de hulp van Professor X een groep jonge X-Men leiden om hun grootste vijand te stoppen en de mensheid van de ondergang te redden.