Top privé detective Harry Goodman raakt mysterieus vermist. Zijn vermissing zorgt ervoor dat zijn 21-jarige zoon Tim op zoek gaat naar de reden van zijn verdwijning. In zijn zoektocht krijgt Tim hulp van de voormalige partner van zijn vader: Detective Pikachu. Als ze erachter komen dat zij het enige mens-Pokemon duo zijn dat elkaar kan verstaan, besluiten Tim en Pikachu samen te werken om het mysterie te ontrafelen.